磁控管是微波應用設備的心臟，因此，磁控管的正確使用是維護微波設備正常工作的必要條件。磁控管在使用時應注意以下幾個問題：
     一、負載要匹配。
     無論什么設備都要求磁控管的輸出負載盡可能做到匹配，也就是它的電壓駐波比應盡可能的小。駐波大不僅反射功率大，使被處理物料實際得到的功率減少，而且會引起磁控管跳模和陰極過熱，嚴重時會損壞管子。跳模時，陽極電流忽然出現跌落。引起跳模的原因除管子本身模式分隔度小外，主要有以下幾個方面：
     （1) 電源內阻太大，空載高而激起非π模式。
     （2）負載嚴重失配，不利相位的反射減弱了高頻場與電子流的相互作用，而不能維持正常的π模振蕩。
     （3）燈絲加熱不足，引起發射不足，或因管內放氣使陰極中毒引起發射不足，不能提供π模振蕩所需的管子電流。
     為避免跳模的發生，要求電源內阻不能過大，負載應匹配，燈絲加熱電流應符合說明書要求
     二、冷卻。
     冷卻是保證磁控管正常管工作的條件之一，大功率磁控管的陽極常用水冷，其陰極燈絲引出部分及輸出陶瓷窗同時進行強迫風冷，有些電磁鐵也用風冷或水冷。冷卻不良將使管子過熱而不能正常工作，嚴重時將燒壞管子。應嚴禁在冷卻不足的條件下工作。
     三、合理調整陰極加熱功率。
     磁控管起振后，由于不利電子回轟陰極使陰極溫度升高而處于過熱狀態，陰極過熱將使材料蒸發加劇，壽命縮短，嚴重時將燒壞陰極。防止陰極過熱的辦法是按規定調整降低陰極加熱功率。
     四、安裝調試。
     目前常用的微波加熱設備中磁控管放在激勵腔上直接激勵傳輸系統。

激勵腔即是能量激勵裝置，又是傳輸系統的一部分。因此激勵腔的性能對磁控管的工作影響極大。激勵腔應能將管內產生的微波能量有效的傳輸給負載。為達此目的，除激勵腔本身的設計外，管子在激勵腔上的裝配情況對工作的穩定性影響極大。正常工作時管子的陽極與激勵腔接觸部分有很大的高頻電流通過，二者之間必須有良好的接觸，接觸不良將引起高頻打火。天線插入激勵腔的深度直接影響能量的傳輸和管子的工作狀態，應按說明書規定精心裝配。
     五、保存和運輸
     磁控管的電極材料為無氧銅、可伐等，在酸、堿濕氣中易于氧化。因此，磁控管的保存應防潮、避開酸堿氣氛。防止高溫氧化。包裝式磁控管因帶磁鋼，應防止磁鋼的磁性變化，存在時應在管子周圍10厘米內不得有鐵磁物質存在。管子運輸過程中應放入專用防振包裝箱內，以防止受振動撞擊而受損壞。